Damit liegt der MSV nach dem fünften Sieg in Serie mit nun 34 Punkten fünf Zähler vor Verfolger FC Ingolstadt.
Albert Bunjaku (23.) hatte die Gäste aus Köln mit einem platzierten Schuss ins lange Eck in Führung gebracht, der 35-Jährige führt die Torschützenliste nach seinem zwölften Saisontreffer an.
Doch MSV-Stürmer Vincent Vermeij (42.) nach einer schönen Kombination und Lukas Scepanik (85.) per Freistoß, bei dem Torhüter Sebastian Patzler ganz schlimm patzte, drehten das Spiel für den Favoriten.