Der 28-Jährige sprintete nach 159 Kilometern von Menziken nach Bern hinter dem Australier Michael Matthews vom deutschen Team Sunweb und Weltmeister Peter Sagan nur auf den dritten Platz. Am Sonntag hatte Degenkolb in Cham nur Rang 13 erreicht.
"Wir haben einen richtig guten Job gemacht, vielleicht waren wir ein bisschen zu enthusiastisch, zu motiviert", sagte Degenkolb im Anschluss: "Auf den letzten Metern war die Geschwindigkeit etwas zu hoch, da musste ich abreißen lassen."
Matthews übernahm durch seinen Sieg die Gesamtführung bei der neuntägigen Rundfahrt durch die Schweiz. Das Sprint-Ass führt mit zehn Sekunden Vorsprung auf Giro-Sieger Tom Dumoulin und Sagan (+0:11 Minuten). Bester Deutscher ist Degenkolb mit 24 Sekunden Rückstand auf Rang acht.
Die Tour de Suisse ist neben dem Criterium du Dauphine einer der wichtigsten Härtetests für die Tour de France (1. bis 23. Juli), die in diesem Jahr in Düsseldorf startet. Die vierte Etappe der Tour de Suisse verläuft am Dienstag über 143 Kilometer von Bern zur 1327 Meter hoch gelegenen Bergankunft in Villars-sur-Ollon.