Neppe arbeitete nach seiner Zeit als Profi - über die 3. Liga kam der gebürtige Offenbacher nicht hinaus - ab 2014 als Assistent von Michael Reschke beim FC Bayern. Nach dessen Abschied zum VfB Stuttgart übernahm er die Scoutingabteilung der Münchner. In dieser Rolle war er in die Verpflichtungen zahlreicher Leistungsträger wie jene von Joshua Kimmich oder auch Serge Gnabry involviert.
Seine gute Arbeit hat Neppe auch für Ligakonkurrenten interessant gemacht. So brachte die Bild seinen Namen auch bei Eintracht Frankfurt ins Spiel, die Hessen suchen nach einem Nachfolger für den scheidenden Sportdirektor Bruno Hübner. Als weiterer Kandidat wird Ex-Profi Gelson Fernandes genannt, der aktuell seinen Masterabschluss in Sportmanagement erwirbt.
Bei der Nachbesetzung der Position von Neppe beim FCB könnte laut kicker mit Pirmin Schwegler ein ehemaliger Eintracht-Spieler ein Kandidat sein. Seit Januar ist der 14-malige Schweizer Nationalspieler als Scout an der Säbener Straße angestellt. Für die SGE, Leverkusen, Hoffenheim und Hannover bachte es der 33-Jährige auf 262 Spiele in der Bundesliga.
