Marcel Zylla (75.) erzielte fünf Minuten vor dem Abpfiff das Führungstor für die Bayern, die Norddeutschen spielten ab der 45. Minute nach der Gelb-Roten Karte für Pascal Hackethal in Unterzahl. In der zweiten Minute der Nachspielzeit traf Benedict Hollerbach zum Endstand für den FCB.
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Zuvor waren die Bayern 1989, 1997, 2001 und 2007 B-Junioren-Meister geworden. Der SV Werder verlor zum vierten Mal nach 1983, 1997 und 2011 ein B-Junioren-Endspiel. DFB-Vizepräsident Hans-Dieter Drewitz sowie Christian Pothe (Vorsitzender des DFB-Jugendausschusses) und DFB-Direktor Ulf Schott nahmen nach dem Abpfiff die Siegerehrung vor.
Am Vortag hatten auch die B-Juniorinnen von Bayern München durch einen 2:1 (2:0)-Finalerfolg gegen Titelverteidiger Turbine Potsdam zum dritten Mal nach 2014 und 2015 den Meistertitel gewonnen.
